هدف از مدیر نرم افزار Flatpak جستجو و نصب آن آسان است. برنامه هایی که در مدیر نرم افزار موجود نیست می توانند از طریق بسته های DEB یا RPM نصب شوند. برخی از آنها از طریق PPA ها (برای توزیع های مبتنی بر دبیان) در دسترس هستند و اگر هیچ چیز، نمی تواند از کد منبع ساخته شود.